Der Bezirk Oberbayern ist an den folgenden Zweckverbänden und Stiftungen beteiligt:

• Krankenhauszweckverband Ingolstadt mit Klinikum Ingolstadt GmbH
• Zentrum für psychische Gesundheit im Klinikum Ingolstadt: 357 Betten, 34 Plätze
• Zweckverband für die Donaumoossanierung
• Stiftung Donaumoos Freilichtmuseum und Umweltbildungsstätte
• Zweckverband Holzknechtmuseum Ruhpolding
• Zweckverband Holztechnisches Museum Rosenheim
• Zweckverband Deutsches Hopfenmuseum Wolnzach
• Zweckverband “kelten römer museum manching“
• Zweckverband der Bayerischen Landschulheime